在全民奥特曼（飞机大战）中除了有正常的通关模式以外，还有一种特殊的模式-挑战模式。在挑战模式中，玩家可以挑战3个难度的BOSS来获得特殊的勋章。游戏第一关卡结束时会开启挑战模式。通关模式通过的关卡BOSS会出现在挑战模式中。

BOSS的勋章分为：

青铜勋章

白银勋章

黄金勋章