在芙洛儿的鼓励下，主角终于从未能洗刷哥伦布冤屈的内疚中走出来，接受了支援圣约翰骑士团新委托。骑士团曾经是东地中海抵御北非海盗的支柱，最近其补给舰队却频频遭劫。经过一番调查，主角认定疑犯正是胆大妄为的海盗“中尉”，的过程中，见证了巴巴罗萨弟弟海雷丁的崛起。神秘的“中尉”究竟是敌是友，骑士团又能否从复仇心切的海雷丁手中幸存下来?