《舰指太平洋》的改造系统，是旨在增强战舰、舰队整体战斗力的系统，也是游戏的主要玩法之一！其主要内容如下：

阵型：如图左侧是当前拥有的战舰阵型；

战舰类型：战列舰、战列巡洋舰、航空母舰、轻型航空母舰、重巡洋舰、轻巡洋舰、驱逐舰、潜艇；

更换战舰：可以随时改变战舰的阵型，并且对当前上阵战舰进行更换。