冲关是《凹凸曼大作战》的主要玩法，关卡数为5的倍数时出现BOSS，需要在30秒内击杀才能进入下一关卡，否则退回前一关卡，可以无限制重复挑战直至成功过关。其他关卡都由30只小怪物组成，无通关时间限制，主要给玩家提供金币收入。每次通过BOSS关卡，所能获取的金币会将会成倍增长，所以如何快速的冲到更高的关卡决定了你获取金币收益的速度，所以在有余力打败更高层的BOSS时尽量先闯到更高的关卡，之后再进行挂机和重生才能取得更好的效果。

在闯关时，5台战机战斗技能的使用也很重要，合理的释放战机技能能让你击败更高层的关卡BOSS。