南征北战，攻城略地

征战系统是《妖姬三国2》的主线玩法。玩家将通过征讨三国各地势力，开启寻获绝色妖姬和建立霸业的奇幻之旅。期间遭遇的极具挑战性的关卡需要玩家思考各种应对策略。随故事推进，会逐步开启其他系统。

在各个章节的关卡战斗中，取得胜利即可获得士气增加全队属性，进而战胜最终的首领。

关卡推进时中可能会遇到分支路线，玩家可以选择绕过分支直接进攻首领或者选择进攻分支获取士气增加属性。

部分分支关卡是宝箱关卡，首次战胜宝箱关卡将会获得各种货币、材料以及道具。

通关章节时将会开启武将相应阶段的进阶道具购买，购买进阶道具需要花费银币。