在浩瀚的三千世界中，各种奇怪的灵体族群游荡其中，其主要可分为兽类、器物、拟人、森植、鬼怪。除了我们所了解的人类世界之外，还另外存在两个高等界。灵界，又被称为高等界，与众多低等界阴阳界合称为三千世界。阴阳界，由互相变幻的五大洲所构成，分别为：五大洲以及散落在周边的一些岛屿构成。

       故事就开始在阴阳界最南边：“南十字森林”旁的源明神社中。

       近期灵力混乱导致整个阴阳界的鬼怪到处肆虐，灵力的变化惊醒了在琉璃神社安息的安奈琉璃灵体，安奈琉璃在神社正好看见拥有其微薄血统的主角，并且给予其拯救整个阴阳界的任务。一段奇异的旅程由此展开。