千层妖塔也是游戏里的重要特色系统之一。玩家等级达到20级后开启，玩家必须从第一层开始往上面挑战，每打赢一层便可获得一定的奖励并开启下一层关卡，如遇挑战失败，可以更换阵容或者等战斗力提升后再来尝试。

20级后，点击主城右下角的“千层妖塔”建筑进入系统，进入后系统会默认显示当前可挑战层数。玩家可点击本层信息栏的挑战按钮进行挑战。